基因比对软件开发,基因比对是干什么用

DNA/RNA序列比对软件整理

在对比对工具进行比较时，通常将其分为DNA比对工具（DNA-seq）和RNA比对工具（RNA-seq）。它们的区别在于是否会考虑跨外显子的比对，即：是否会将没有比对上的reads劈开，对劈开后的两部分再次比对）。

网络搜索下载并安装BioEdit软件。将你所要比对的序列以fasta格式粘贴在文本文档里。BioEdit软件打开文本文档，选中所有的序列，按下图方法选择要打开的标签。

打开snapgene软件，点击新DNA。将需要比对的DNA序列或者参考基因序列复制到框内。选择线性还是环状，点击编辑，点击比对，即可。脱氧核糖核酸，缩写为DNA，是生物细胞内含有的四种生物大分子之一核酸的一种。

步骤：进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的。

把测序得到的序列贴上去就可以了。http：//blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 可以对2个序列进行比对，也可以和数据库中现有物种的序列比对。蛋白质氨基酸序列比对等等，很多功能，是目前功能最强大的序列比对系统。

首先在电脑中打开DNAMAN软件，然后点击File，New，建立新的对话框。在新的对话框中输入需要翻译的碱基序列（可复制粘贴），并同时按住键盘的Ctrl和A将输入的序列选中，如图显示黑色。

使用DNAMAN软件进行序列比对及导出

dnaman无法导出拼接序列是电脑系统或网络链接导致的。dnaman导出拼接序列方法：在电脑上打开DNAMAN软件，打开软件后，点击菜单栏的Sequence选项。

打开相应的软件，如DNAMAN、Geneious等，都提供了手动序列拼接的功能。将需要拼接的序列导入到软件中，可以通过直接粘贴或者从文件导入的方式。在软件中对每个序列进行比对，确保顺序和方向都正确。

在比对结果窗口中找到需要删除的序列。将此序列从结果窗口中复制，粘贴到一个新文档中。在新文档中使用鼠标选择需要删除的部分，按delete键进行删除。将剩余的部分复制回比对结果窗口中，用新序列代替原始序列。

匹配好结果之后，选择 Option ： 将latterrs per 设置为88，就会从你的结果 88 位置切割。OPtions 同理，如果导出的图片为几张图，需要合成一张长图，根据自己的序列长度，设置参数即可。

第一步，选择输入DNA 序列或蛋白质序列 。第二步，选择序列文件所在位置，注意输入的序列是 DNA 或者是蛋白质序列，打勾相应的选项 ，选项不需要修改，默认就行。

数据库中没有匹配数列。在dnaman数据库比对过程中，数据库中没有匹配数列会因为没有适配选项导致比对失败。DNAman，是美国LynnonBiosoft公司开发的高度集成化的分子生物学应用软件。

如何进行基因序列的比对?

1、首先找到小鼠和人类p53基因的序列，然后进ncbi首页，里面靠右的位置popular resources下第一个选项“blast”，打开以后，找“nucleotide blast”。

2、局部比对（Local alignment）：与全局比对不同，局部比对不必对两个完整的序列进行比对，而是在每个序列中使用某些局部区域片段进行比对。

3、序列比对：序列比对是一种比较两个DNA或RNA序列的方法，可以用于找出两组碱基之间的异同。常用的比对软件包括BLAST、Clustal等。通过比对不同组的碱基序列，可以找到它们之间的同源性，以及具体的差异。

4、可以在里面调整成你想要的表示方法和顺序，另存为就好了。

5、假设你测的是一个基因的序列，如果已知这个基因的序列，则将你测序得到的基因序列与已知的序列相比对，分析看两者在哪个地方不对应，不对应的地方即为突变的地方。比对的软件有sequencher，或者去ncbi网站点击blast进行。

如何在NCBI中进行基因序列比对,比如小鼠p53基因与人类p53基因的比对

这个直接到NCBI网页上，有个服务叫做BLAST，把测序得到的序列贴上去就可以了。http：//blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 可以对2个序列进行比对，也可以和数据库中现有物种的序列比对。

做序列比对的方法： 1，利用百度搜索找到NCBI官方网站。2，在网站的右侧找到BLAST选项并点击进入。3，在Basic Blast内找到核酸blast并点击进入。

方法一：NCBI上-probe 之前NCBI上有一个probe选项可以直接设计引物，上面会给出上下游序列。

下拉找到genomic sequence 点击genbank链接，进入该基因的序列描述页面，找到CDS选项，就是这个基因的编码全长序列。

首先关于同源的定义就比较多，如果以序列相似性作为唯一依据话，可以采用NCBI上的blast软件进行序列比对。

基因序列比较怎么分析 测序得到基因序列后一般都需要进行序列比对，看和目的序列的差异情况，常用的软件有DNAman，还有invitrogen的vectorVI也不错。此外还可以直接在网上进行比对，推荐NCBI网站的BLAST可以直接网上进行。

序列比对软件二倍体dna怎么比对

1、网络搜索下载并安装BioEdit软件。将你所要比对的序列以fasta格式粘贴在文本文档里。BioEdit软件打开文本文档，选中所有的序列，按下图方法选择要打开的标签。

2、序列比对：序列比对是一种比较两个DNA或RNA序列的方法，可以用于找出两组碱基之间的异同。常用的比对软件包括BLAST、Clustal等。通过比对不同组的碱基序列，可以找到它们之间的同源性，以及具体的差异。

3、常用工具：DNA-seq：BWA；bowtie&bowtie2 RNA-seq：STAR；HISAT2；Tophat&Tophat2 BWA主要应用二代测序后的大量短小片段与参考基因组之间的定位比对。

4、首先找到小鼠和人类p53基因的序列，然后进ncbi首页，里面靠右的位置popular resources下第一个选项“blast”，打开以后，找“nucleotide blast”。

三代比对软件-ngmlr

软件名：ngmlr 版本号：ngmlr 0.6 NextGenMap-LR（ngmlr）主要用于三代测序的长reads（PacBio 、Oxford Nanopore）与参考基因组的比对。

序列比对软件 MUMmer 快速上手（一）nucmer 的应用场景为：比较两个 genome assemblies，或者将一个 assembly 或测序 reads 比对到另一个基因组，或者比较可能存在大量重排和重复的两个相关物种的基因组。

组合考虑时比对软件表现最好NGMLR，但是minimap2就差一点点，可以根据情况选择；4）多软件共同应用策略，在提高准确性方面有一定效果，但是看F值的话，cuteSV（单独与组合相对表现最好）的单独和组合的F值没有提升效果。

Minimap2是生信大牛李恒18年用C语言开发的可以用于三代数据（subreads、iso-seq）比对的长序列比对软件，与传统的三代比对工具GMAP相比，其速度有非常显著的提升，当然同时消耗的内存也比较大。

前言： nanopolish是开源的综合性分析软件，集成了非常多的三代测序数据分析小工具。

比对的是：使用idba_ud拼接的AER314-4raw_data基因组与转录组数据。